Năm 2007, tướng Trần Văn Thanh bị Công an thành phố Đà Nẵng truy tố vì hành vi cùng với Trung tá Dương Ngọc Tiến và cựu Thiếu tá Đinh Công Sắt "phát tán Công văn số 73 và 77 của Viện Kiểm sát Nhân dân Tp Đà Nẵng ở nhiều địa điểm ngay trước bầu cử Quốc hội khóa XII; viết nhiều đơn thư khiếu nại, tố cáo tập trung vào một số vụ án tại Tp Đà Nẵng có liên quan đến trách nhiệm của lãnh đạo địa phương này, nhưng chưa được giải quyết".[8]

Theo RFA (Đài Á Châu Tự do), Công văn số 73 và 77 của Viện KSND Tp Đà Nẵng có nội dung báo cáo về việc Bí thư Thành ủy Đà Nẵng Nguyễn Bá Thanh đã nhận hối lộ của Phạm Minh Thông số tiền 4,4 tỷ đồng trong các công trình xây dựng Cầu Sông Hàn và đường Bắc Nam ở Đà Nẵng.[2]

Ngày 20 tháng 7 năm 2009, mặc dù ông Trần Văn Thanh bị tai biến và có hai bệnh viện của công an đã xác nhận là tướng Thanh không đủ sức khỏe để dự phiên tòa, nhưng vị thiếu tướng công an vẫn bị đưa đến tòa (được tổ chức tại Nhà hát Trưng Vương) trên xe cứu thương trong tình trạng hôn mê, thở oxy và phải truyền dịch, để kiểm tra sức khỏe trước khi đưa ra tòa.[2] Do không qua được lần kiểm tra sức khỏe, Tòa án Nhân dân Tp Đà Nẵng đã xử vắng mặt bị cáo Trần Văn Thanh 18 tháng tù treo vì tội "Lợi dụng quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, công dân".[8]

Ở phiên phúc thẩm, Viện Thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Đà Nẵng (Viện Phúc thẩm II) thuộc Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao đã kháng nghị Tòa Phúc thẩm Đà Nẵng, tuyên ông Trần Văn Thanh không phạm tội và đình chỉ vụ án với bị cáo này.[9][10] Như vậy, ngay cả cơ quan buộc tội (Viện Kiểm sát) cũng cho là bị cáo vô tội, nhưng Chánh án Trần Mẫn vẫn tuyên án Thiếu tướng Trần Văn Thanh có tội,[2] dù không có bằng chứng nhưng vẫn nhất quyết cho rằng ông Trần Văn Thanh là "người cầm đầu, đã chủ động hướng dẫn các bị cáo". Thay vì tuyên vô tội như kháng nghị của Viện Phúc thẩm II, tòa chỉ giảm án xuống 12 tháng tù treo vì bị cáo có nhân thân tốt.[11]